La costruzione risale al 1452, quando la compagnia di Santa Maria della Scopa decise di edificare una nuova chiesa, con annesso ospedale, a levante di via Borgo Rotondo. Nei secoli successivi, a questa congregazione si affiancarono nel 1626 la Compagnia del Suffragio e nel 1738 quella della B.V. Addolorata.

Quest’ultima è ancora oggi simbolicamente rappresentata dalla delicata scultura in cartapesta di Angelo Gabriello Piò, collocata in una nicchia laterale del presbiterio. L’ultima confraternita a trovare qui ospitalità è stata quella del SS. Crocefisso, cui viene intitolata la chiesa nel 1903, che porta in dote il crocefisso ligneo policromo del XV secolo, proveniente da un altro luogo di culto soppresso.

Nel 1924 la Chiesa diviene il Sacrario dei Caduti in Guerra e si appongono le lapidi con i nomi. Nel 1957, sulla facciata rinnovata in stile neoclassico dall’architetto Felice Rivani, venne apposta l’iscrizione “Dal sacrifizio la gloria”.