Il museo è stato aperto nel 2000 grazie a un progetto realizzato in stretta collaborazione tra Parrocchia e Comune.

L’intento di valorizzare il ricco patrimonio artistico locale ha condotto alla creazione di una valente Pinacoteca della Scuola Bolognese dal XV al XIX secolo. Fra le tante opere esposte nei suggestivi spazi restaurati, spiccano il bellissimo e misterioso San Giovanni Battista di Francesco Raibolini, detto il Francia; il San Michele Arcangelo e Santi di Alessandro Tiarini; la Madonna della Cintura tra i Santi Agostino e Monica di Bartolomeo Passerotti; il Gesù in casa di Marta e Maria di Donato Creti, oltre a diversi dipinti dei fratelli Gandolfi, nati a San Matteo Decima (frazione del comune di San Giovanni in Persiceto) ed assurti a fama internazionale.

Tra le sculture va ricordata la pregevole serie di formelle realizzate tra il 1711 e il 1712, a soli 21 anni, da Angelo Gabriello Piò, grande artista e plasticatore bolognese.

Completano il percorso museale oggetti di uso liturgico, paramenti sacri, preziose opere di oreficeria del Settecento e cinque corali di pergamena del XIV secolo, decorati dalle splendide miniature di Nicolò di Giacomo.